高職院校圖書館是為全校師生員工提供教科研服務的部門，也是作為學校的文獻資源信息服務中心。因此，高職院校的圖書館在某種程度上承擔著教育與信息服務的雙重職能。參與一卡通系統的建設，對圖書館的管理效能的提高和服務能力的增強是一個極大的提升。校園一卡通系統的建設，除了滿足大學生在學校食堂的經濟消費活動之外，還能夠對圖書館的期刊借閱、電子閱覽、財務結算等帶來意想不到的便利，形成整個高職院校的一體化的校園網絡管理系統。
校園一卡通通用第三方接入服務提供的主要功能包括：讀取校園卡信息、查詢一卡通帳戶的精確信息、校園卡的有效性驗證、消費與退費、掛失、身份功能的啟用和禁用以及校園卡帳戶在第三方子系統的開通與關閉等，很好地保證了圖書館與一卡通系統的耦合。在圖書館系統與一卡通系統對接的過程中，由于圖書館自身多已采用比較成熟的專業管理軟件如ILAS、INNOPAC、匯文等，因此，為保證有效對接，須運用“第三方連接套件”，以保證圖書館內系統的正常使用。否則，既會給圖書館管理工作增加不必要的麻煩，也會給學校增加不必要的經費負擔。如何實現“第三方連接套件”與圖書館專業圖書管理系統的有效耦合連接呢?這是廣大圖書館人十分關心也十分重視的問題。一般而言，圖書館內的自有應用數據庫系統，能夠形成同步的管理效應。但通過“第三方連接套件”與一卡通系統進行連接，也是能夠達到數據同步的。但往往會由于技術上的鏈接不能及時到位問題，可能造成不必要的漏扣款甚至倒返款給用戶的情況。防止這種情況的發生，就必須做好在技術措施與手段的到位。作為圖書館自身的技術人員要對相關的統計報表給予及時的分析，對通過校園一卡通結算中心出具的報表，要仔細地與圖書館原管理系統的統計報表相核對，保障數據的一致性。在對接后系統的軟硬件配置方面，圖書館應用一卡通系統在硬件方面需要增加一臺第三方代理服務器，為圖書館的流通借還客戶端增加通用讀卡器。軟件方面，需要在服務器上安裝第三方對接系統服務器端程序、第三方對接系統客戶端程序、加密狗驅動以及Firebkd數據庫后臺服務程序。在流通借還客戶端，需要安裝第三方對接系統客戶端程序。在任意一臺安裝一卡通通用對接系統客戶端程序的客戶端上以管理員登錄，在服務器上利用SIOS與站點管理模塊注冊各流通借還客戶端。注冊后，每個流通借還客戶端作為圖書館子系統的站點，流通點管理人員依據需要進行分組注冊并設置結算類別和權限。
校園一卡通系統應用對圖書館的管理工作，影響主要有：一是讀者身份的判別方式。由于一卡通系統用戶的數據庫與圖書館原有管理系統的讀者數據庫是不同的。由于一卡通面向全校，用戶管理是由一卡通數據管理中心的數據庫實現的。持卡人使用一卡通后，圖書館管理系統就難以識別。這就需要在圖書館管理系統客戶端增加通用讀卡器。讀者在讀卡后，首先需要通過第三方代理服務器進行讀者身份驗證，然后才能進入經過圖書館自身管理系統進行二次驗證。二是讀者證件管理。圖書館管理系統具備讀者管理模塊，通常包括讀者證件注冊、證件注銷、掛失補證、掛失解掛等功能。讀者信息通常包括條碼號、證件號、姓名、性別、證有效期等。圖書館專職辦證人員為新生及新教工辦理圖書證，并在證件注冊模塊為讀者錄入讀者的各項信息。在畢業生離校時，在歸還書刊后在證件注銷模塊注銷畢業生證件。在應用一卡通系統后，校園卡將完全取代圖書證，數據中心全面管理校園卡的辦理、注銷、掛失補卡以及掛失解掛等業務。而圖書館管理系統中的讀者信息，則可以利用一卡通數據中心的提供的新生詳細信息通過讀者數據套錄模塊選擇對應字段對讀者數據進行批量導入。
一卡通數據中心在辦理校園卡時默認為全校的統招在校學生和正式教職工開通圖書館功能，在畢業生離校時必須由圖書館工作人員關閉圖書館功能，畢業生才能在一卡通中心辦理校園卡注銷。畢業生離校時，校園卡會提示圖書館在用戶結清相關項目后關閉功能開通狀態，才能處理相關離校手續。三是借還管理。應用一卡通系統后，借還管理的圖書館工作人員在使用借還客戶端時，要登錄第三方對接系統客戶端程序，然后再登錄圖書管理系統的流通借還模塊。用戶的還款項目都從校園卡中扣除，并保存到圖書館專用帳戶中，以便為財務部門進行結算。為了實現圖書館自動化管理系統與校園卡系統的集成，需要自動化管理系統與校園卡系統開發商進行密切的合作，開發系統之間的接口程序。在書刊流通中賠罰款(如書刊超期、遺失以及損壞)時，借還管理的工作人員將光標定位到賠罰款的金額信息上，讀者刷卡后第三方系統將對讀者身份認證后自動彈出消費窗口，并且自動讀入結算金額，點擊結算按鈕后，將從讀者校園卡中扣除相應金額。第三方系統自動記錄此次校園卡消費的子系統名稱、子系統站點以及消費金額和時間以及完成此次消費的工作人員編碼等信息并回傳一卡通數據中心，從而實現了圖書管理系統與一卡通系統的真正整合。四是讀者數據庫的后期維護。讀者數據庫中的讀者信息關鍵字通常以讀者條碼號為關鍵字，讀者條碼號通常按某一特定規則或者自動生成。而依照一卡通數據中心規劃我校學生校園卡學號為關鍵子。
為了方便維護以及保持兩個數據庫數據的一致性，對讀者信息的維護可以區別對待：對于入校新生利用一卡通數據中心提供的新生詳細數據對讀者證件進行批量注冊；對于目前在已經辦理圖書證的在校學生利用第三方對接系統的建立學生的學號與條碼號對應關系表，這樣不需要對圖書館管理系統做任何改動設置；對于部分留級、休學以及其他特殊原因的學生，可以利用讀者管理模塊對該讀者原圖書證掛失，在掛失補證模塊重新修改條碼號為學號。通過以上方式對讀者數據庫的維護，可以完成從圖書證到校園卡使用的轉換。